Los orígenes de Villaverde se remontan a la conquista de Madrid por parte Alfonso VI de Castilla en 1085 con la ayuda de miembros de la Orden de Santiago. Como agradecimiento, según la tradición, el rey donó tierras cercanas al vado del Manzanares en dirección Vallecas a caballeros de dicha orden. En dichas tierras, se formó el núcleo de población denominado Vado de Santiago el Verde en las cercanías de una almunia o casa de labranza de origen árabe, con jardín, noria y huerta, denominada La Algarrada.
Debido a causas inciertas (aunque es probable que fuera por la excesiva humedad de la zona, o por las continuas crecidas del río Manzanares) el poblado se trasladó al emplazamiento actual de Villaverde, situado entre los arroyos Butarque y Malvecino.
En el Fuero otorgado a Madrid en 1222 por Fernando III el Santo aparece por primera vez Villaverde como uno de los sexmos o departamentos rurales dependientes de la villa de Madrid. El sexmo de Villaverde incluía las villas de Villaverde, Getafe, Fuenlabrada, Torrejón de la Calzada, Casarrubuelos, Humanejos y Perales.
Entre 1413 y 1414 las poblaciones de Santiago el Verde y La Algarrada aparecen como despobladas y figura como existente el pueblo de Villaverde. Cercanos al pueblo se hallaban las ermitas de Santiago el Verde (posteriormente trasladada a la madrileña ermita de Atocha por el Caballero Gracián Ramírez) y la Magdalena.
